Jean Gagnon a obtenu un Doctorat en Études et pratiques des arts de l’UQAM en 2014 et sa thèse portait le titre: Faire comme les musiciens. Le jeu instrumental dans les performances audiovisuelles. Il poursuit des activités de commissaire et critique d’art indépendant et collabore à l’occasion à des périodiques tels que Art Journal, Artpress 2, esse arts +opinions, ETC et CV photo. Il est membre du conseil d’administration de cette dernière publication.

Il a été l’initiateur et co-directeur de l’Alliance de recherche DOCAM (Documentation et conservation du patrimoine des arts médiatiques) de 2005 à 2010. Il avait fondé le Centre de recherche et de documentation (CR+D) de la Fondation Daniel Langlois pour l’art, la science et la technologie et son programme de chercheur résident (2002-2010), dont les collections ont été données à la Cinémathèque québécoise en 2011. Il a produit Digital Snow, une ressource numérique et un catalogue en ligne de l’ensemble de l’œuvre de Michael Snow. À L’automne 2007, il fut le commissaire de l’exposition  e-art. Art contemporain et nouvelles technologies au Musée des beaux-arts de Montréal. Jean Gagnon a occupé le poste de directeur de la préservation et de l’accès aux collections à la Cinémathèque québécoise entre 2010 et 2017.